| 17. Journée | 03.03.2025 | FC Zlín | - | 1. SK Prostějov | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 07.03.2025 | 1. SK Prostějov | - | Viktoria Žižkov | 2:1 |  |
|||
| 19. Journée | 14.03.2025 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | 1. SK Prostějov | 3:1 | ||||
| 20. Journée | 28.03.2025 | 1. SK Prostějov | - | Baník Ostrava B | 1:0 | |
|||
| 21. Journée | 04.04.2025 | Vysočina Jihlava | - | 1. SK Prostějov | 3:0 | |
|||
| 22. Journée | 11.04.2025 | 1. SK Prostějov | - | Slavia Praha B | 0:0 | |
|||
| 23. Journée | 16.04.2025 | Zbrojovka Brno | - | 1. SK Prostějov | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 20.04.2025 | 1. SK Prostějov | - | SFC Opava | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 27.04.2025 | FK Varnsdorf | - | 1. SK Prostějov | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 03.05.2025 | 1. SK Prostějov | - | AC Sparta Praha B | 1:2 | ||||
| 27. Journée | 07.05.2025 | MFK Chrudim | - | 1. SK Prostějov | 1:3 | ||||
| 28. Journée | 11.05.2025 | 1. SK Prostějov | - | Sk Lisen | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 17.05.2025 | FK MAS Táborsko | - | 1. SK Prostějov | 1:0 | ||||
| 30. Journée | 25.05.2025 | 1. SK Prostějov | - | MFK Vyškov | 0:2 |
République Tchèque