| 1er tour | 14.09.2006 | Dinamo Zagreb | - | AJ Auxerre | 1:2 |  |
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| 1er tour | 28.09.2006 | AJ Auxerre | - | Dinamo Zagreb | 3:1 | |
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| Groupe A | 23.11.2006 | AJ Auxerre | - | Rangers FC | 2:2 | |
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| Groupe A | 29.11.2006 | Partizan | - | AJ Auxerre | 1:4 | ||||
| Groupe A | 14.12.2006 | AJ Auxerre | - | AS Livorno | 0:1 |
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