| 1. Journée | 07.08.2016 | FK Pobeda Junior | - | FK Pelister | 0:2 | ||||
| 2. Journée | 14.08.2016 | FK Pelister | - | FK Bregalnica Štip | 3:0 |  |
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| 3. Journée | 21.08.2016 | Makedonija GP | - | FK Pelister | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 27.08.2016 | FK Pelister | - | FK Rabotnički | 3:0 | |
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| 5. Journée | 11.09.2016 | FK Renova | - | FK Pelister | 2:0 | ||||
| 6. Journée | 17.09.2016 | KF Shkupi | - | FK Pelister | 2:1 | |
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| 7. Journée | 25.09.2016 | FK Pelister | - | Sileks Kratovo | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2016 | Vardar Skopje | - | FK Pelister | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 02.10.2016 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 10. Journée | 16.10.2016 | FK Pelister | - | FK Pobeda Junior | 2:0 | |
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| 11. Journée | 23.10.2016 | FK Bregalnica Štip | - | FK Pelister | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 15.04.2017 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 | ||||
| 30. Journée | 30.04.2017 | FK Pelister | - | Makedonija GP | 3:1 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2017 | FK Pelister | - | KF Shkupi | 1:0 | ||||
| 34. Journée | 21.05.2017 | Sileks Kratovo | - | FK Pelister | 3:3 | ||||
| 35. Journée | 28.05.2017 | FK Pelister | - | Vardar Skopje | 2:3 |
Macédoine du Nord