| 3. Journée | 10.09.2016 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 5. Journée | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 7. Journée | 16.10.2016 | Panathinaikos | - | Xanthi FC | 1:2 |  |
|||
| 8. Journée | 24.10.2016 | Veria FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 30.10.2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | |
|||
| 15. Journée | 18.12.2016 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:0 | |
|||
| 1. Journée | 05.01.2017 | Platanias Chanion | - | Panathinaikos | 1:0 | |
|||
| 2. Journée | 09.01.2017 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 29.01.2017 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 09.04.2017 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 30. Journée | 30.04.2017 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 2:0 | |
Italie