| 20. Journée | 04.02.2007 | 1. FC Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 |  |
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| 21. Journée | 11.02.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiss Essen | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 18.02.2007 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 23.02.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 24. Journée | 02.03.2007 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 25. Journée | 11.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Karlsruher SC | 1:3 | ||||
| 26. Journée | 16.03.2007 | TuS Koblenz | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 30.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 28. Journée | 08.04.2007 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 16.04.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 22.04.2007 | SC Freiburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | |
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| 31. Journée | 27.04.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | MSV Duisburg | 3:3 | ||||
| 32. Journée | 06.05.2007 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 20.05.2007 | FC Augsburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 |
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