| 16. Journée | 04.01.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | AE Lárissa | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 11.01.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Levadiakos | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 17.01.2009 | Asteras Tripolis | - | Thrasyvoulos Fylis | 3:0 |  |
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| 19. Journée | 25.01.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Skoda Xanthi | 1:1 |  |
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| 20. Journée | 01.02.2009 | Panserraikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 08.02.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | OFI Heraklion | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 14.02.2009 | AEK Athen | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 22.02.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panthrakikos | 0:2 | |
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| 24. Journée | 28.02.2009 | Aris Saloniki | - | Thrasyvoulos Fylis | 2:1 | |
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| 25. Journée | 08.03.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Ergotelis | 1:3 | ||||
| 26. Journée | 15.03.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 22.03.2009 | PAOK Saloniki | - | Thrasyvoulos Fylis | 2:1 | |
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| 28. Journée | 05.04.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Iraklis Saloniki | 1:1 | |
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| 29. Journée | 12.04.2009 | Panionios GSS | - | Thrasyvoulos Fylis | 4:1 | |
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