| 3. Journée | 04.08.2002 | Eintracht Frankfurt II | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 14.08.2002 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 4:2 | ||||
| 6. Journée | 18.08.2002 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 0:2 | ||||
| 14. Journée | 12.10.2002 | Borussia Neunkirchen | - | Bayern München II | 2:3 | ||||
| 4. Journée | 16.10.2002 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 0:2 |  |
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| 15. Journée | 20.10.2002 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 05.04.2003 | Bayern München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:0 | |
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| 30. Journée | 17.04.2003 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 21.04.2003 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 25.04.2003 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 34. Journée | 09.05.2003 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 37. Journée | 30.05.2003 | Bayern München II | - | FC Augsburg | 2:0 | ||||
| 38. Journée | 08.06.2003 | 1. FC Saarbrücken | - | Bayern München II | 3:1 |
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