| 26. Journée | 19.01.2016 | Colchester United | - | Fleetwood Town | 1:1 |  |
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| 30. Journée | 06.02.2016 | Southend United | - | Colchester United | 3:0 | ||||
| 31. Journée | 13.02.2016 | Colchester United | - | Swindon Town | 1:4 | ||||
| 29. Journée | 16.02.2016 | Colchester United | - | Chesterfield FC | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 27.02.2016 | Colchester United | - | Shrewsbury Town | 0:0 | ||||
| 35. Journée | 05.03.2016 | Port Vale FC | - | Colchester United | 2:0 | ||||
| 36. Journée | 12.03.2016 | Colchester United | - | Wigan Athletic | 3:3 |  |
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| 37. Journée | 19.03.2016 | Walsall FC | - | Colchester United | 2:1 | ||||
| 38. Journée | 25.03.2016 | Colchester United | - | Doncaster Rovers | 4:1 | |
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| 39. Journée | 29.03.2016 | Coventry City | - | Colchester United | 0:1 | ||||
| 40. Journée | 02.04.2016 | Colchester United | - | Millwall FC | 0:0 | ||||
| 41. Journée | 09.04.2016 | Blackpool FC | - | Colchester United | 0:1 | ||||
| 42. Journée | 16.04.2016 | Colchester United | - | Peterborough United | 1:4 | ||||
| 45. Journée | 30.04.2016 | Barnsley FC | - | Colchester United | 2:2 | ||||
| 46. Journée | 08.05.2016 | Colchester United | - | Rochdale AFC | 1:2 |
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