| 2. Journée | 23.07.2016 | AS Trenčín | - | FK Senica | 3:0 |  |
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| 3. Journée | 30.07.2016 | FK Senica | - | MFK Zemplín Michalovce | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 06.08.2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | FK Senica | 0:4 | ||||
| 5. Journée | 13.08.2016 | Zlaté Moravce | - | FK Senica | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 20.08.2016 | FK Senica | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 0:1 | |
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| 7. Journée | 25.08.2016 | FC DAC 1904 | - | FK Senica | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 10.09.2016 | FK Senica | - | MFK Ružomberok | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 17.09.2016 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 4:2 | |
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| 10. Journée | 24.09.2016 | FK Senica | - | Spartak Trnava | 0:1 |  |
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| 13. Journée | 22.10.2016 | FK Senica | - | AS Trenčín | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 29.10.2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | FK Senica | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 05.11.2016 | FK Senica | - | 1. FC Tatran Prešov | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 19.11.2016 | FK Senica | - | Zlaté Moravce | 1:3 | ||||
| 17. Journée | 26.11.2016 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | FK Senica | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 03.12.2016 | FK Senica | - | FC DAC 1904 | 1:1 |  |
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| 19. Journée | 10.12.2016 | MFK Ružomberok | - | FK Senica | 2:1 | |
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