| Groupe G | 26.10.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 1:0 |  |
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| Groupe G | 30.11.2016 | Panetolikos | - | Panthrakikos | 1:0 | ||||
| Groupe G | 14.12.2016 | GS Kallithea | - | Panetolikos | 1:5 |  |
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| tour des 16 | 11.01.2017 | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:2 | ||||
| tour des 16 | 26.01.2017 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 4:1 |
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