| 15. Journée | 21.02.2009 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Werder Bremen [A-jeun] | 3:4 | ||||
| 16. Journée | 01.03.2009 | 1. FC Union Berlin [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 08.03.2009 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Chemnitzer FC [A-jeun] | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 14.03.2009 | Hansa Rostock [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 4:0 |  |
|||
| 13. Journée | 29.03.2009 | Rot-Weiß Erfurt [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 20. Journée | 05.04.2009 | Hertha BSC [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 18.04.2009 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Energie Cottbus [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 25.04.2009 | Hamburger SV [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 17.05.2009 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | VfL Osnabrück [A-jeun] | 1:5 | ||||
| 14. Journée | 21.05.2009 | Eintracht Braunschweig [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 24.05.2009 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 3:2 |
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