| 9. Journée | 25.10.2008 | FC Schalke 04 II | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 15.11.2008 | VfL Bochum II | - | FC Schalke 04 II | 0:3 |  |
|||
| 15. Journée | 28.11.2008 | Eintracht Trier | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 3:3 | ||||
| 16. Journée | 07.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | BV Cloppenburg | 1:2 | ||||
| 19. Journée | 21.02.2009 | FC Schalke 04 II | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 |  |
|||
| 21. Journée | 07.03.2009 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Kleve | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 15.03.2009 | Bor. Mönchengladbach II | - | FC Schalke 04 II | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2009 | FC Schalke 04 II | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 |  |
|||
| 25. Journée | 04.04.2009 | FC Schalke 04 II | - | FSV Oggersheim | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 17.04.2009 | Borussia Dortmund II | - | FC Schalke 04 II | 4:2 | ||||
| 27. Journée | 25.04.2009 | FC Schalke 04 II | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 02.05.2009 | FC Schalke 04 II | - | SC Verl | 2:3 | ||||
| 30. Journée | 13.05.2009 | FC Schalke 04 II | - | VfL Bochum II | 0:4 |
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