| 1. Journée | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 2. Journée | 07.08.2016 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 3. Journée | 14.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ufa | 1:0 |  |
|||
| 4. Journée | 20.08.2016 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 5. Journée | 27.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 01.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:2 | ||||
| 27. Journée | 06.05.2017 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 14.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 1:2 | ||||
| 29. Journée | 17.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:2 | ||||
| 30. Journée | 21.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar | 1:5 |
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