| 3. Journée | 09.09.2006 | Atromitos | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 17.09.2006 | AO Kerkyra | - | Atromitos | 1:0 |  |
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| 7. Journée | 22.10.2006 | Atromitos | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 29.10.2006 | Ionikos Nikea | - | Atromitos | 1:4 | ||||
| 9. Journée | 05.11.2006 | Atromitos | - | Ergotelis | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 12.11.2006 | Skoda Xanthi | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 19.11.2006 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 14. Journée | 10.12.2006 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 0:3 |  |
 |
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| 15. Journée | 16.12.2006 | Atromitos | - | Aris Saloniki | 1:1 | |
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| 16. Journée | 06.01.2007 | OFI Heraklion | - | Atromitos | 4:1 | ||||
| 17. Journée | 14.01.2007 | Atromitos | - | AE Lárissa | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 21.01.2007 | AEK Athen | - | Atromitos | 3:0 | |
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| 20. Journée | 03.02.2007 | Iraklis Saloniki | - | Atromitos | 2:3 | ||||
| 21. Journée | 11.02.2007 | Atromitos | - | AO Egaleo | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 18.03.2007 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 27. Journée | 15.04.2007 | Atromitos | - | Panionios GSS | 0:1 |
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