| 6. Journée | 18.10.2008 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 2:1 |  |
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| 7. Journée | 26.10.2008 | Ergotelis | - | Panionios GSS | 2:5 |  |
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| 8. Journée | 01.11.2008 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 9. Journée | 08.11.2008 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 30.11.2008 | Olympiakos Piraeus | - | Panionios GSS | 4:1 | |
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| 18. Journée | 18.01.2009 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 2:0 | |
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| 19. Journée | 25.01.2009 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 21.02.2009 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | |
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| 24. Journée | 01.03.2009 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:2 | ||||
| 26. Journée | 15.03.2009 | Levadiakos | - | Panionios GSS | 1:1 | |
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| 27. Journée | 22.03.2009 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 2:3 | ||||
| 28. Journée | 05.04.2009 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 12.04.2009 | Panionios GSS | - | Thrasyvoulos Fylis | 4:1 | ||||
| 30. Journée | 26.04.2009 | Asteras Tripolis | - | Panionios GSS | 3:4 | |
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