| 1er tour | 01.12.1999 | CD Leganés | - | Villarreal CF | 0:3 ap | ||||
| 2e tour | 14.12.1999 | Barakaldo CF | - | Villarreal CF | 0:0 |  |
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| 2e tour | 11.01.2000 | Villarreal CF | - | Barakaldo CF | 1:0 | ||||
| tour des 16 | 19.01.2000 | SD Compostela | - | Villarreal CF | 3:0 | ||||
| tour des 16 | 01.02.2000 | Villarreal CF | - | SD Compostela | 2:4 tab |
Espagne