| 22. Journée | 17.02.2007 | FC St. Pauli | - | VfB Lübeck | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 21.02.2007 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 24. Journée | 03.03.2007 | FC St. Pauli | - | Hertha BSC II | 3:0 | ||||
| 25. Journée | 10.03.2007 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 26. Journée | 16.03.2007 | FC St. Pauli | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 27. Journée | 24.03.2007 | Bayer Leverkusen II | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 04.04.2007 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 31. Journée | 14.04.2007 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 2:0 |  |
|||
| 32. Journée | 21.04.2007 | Bor. Mönchengladbach II | - | FC St. Pauli | 1:5 | |
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| 23. Journée | 24.04.2007 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 0:2 | |
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| 33. Journée | 27.04.2007 | FC St. Pauli | - | Rot Weiss Ahlen | 3:0 |  |
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| 35. Journée | 12.05.2007 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 36. Journée | 20.05.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC St. Pauli | 0:3 | |
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| 37. Journée | 25.05.2007 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 38. Journée | 02.06.2007 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
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