| 13. Journée | 26.10.2012 | NK Istra 1961 | - | Slaven Belupo | 0:0 |  |
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| 14. Journée | 02.11.2012 | Dinamo Zagreb | - | NK Istra 1961 | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 10.11.2012 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 3:0 |  |
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| 16. Journée | 16.11.2012 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 24.11.2012 | RNK Split | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 01.12.2012 | NK Istra 1961 | - | NK Zadar | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 07.12.2012 | NK Zagreb | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 20. Journée | 16.02.2013 | NK Istra 1961 | - | Lokomotiva Zagreb | 2:2 | |
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| 21. Journée | 23.02.2013 | NK Osijek | - | NK Istra 1961 | 0:0 | ||||
| 22. Journée | 03.03.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Rijeka | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 09.03.2013 | Hajduk Split | - | NK Istra 1961 | 1:2 | ||||
| 24. Journée | 16.03.2013 | NK Istra 1961 | - | Dinamo Zagreb | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 29.03.2013 | NK Osijek | - | NK Istra 1961 | 0:4 | |
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| 26. Journée | 06.04.2013 | NK Zadar | - | NK Istra 1961 | 3:2 | ||||
| 27. Journée | 13.04.2013 | NK Istra 1961 | - | NK Zagreb | 0:0 | |
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| 29. Journée | 27.04.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 04.05.2013 | Slaven Belupo | - | NK Istra 1961 | 1:0 | ||||
| 31. Journée | 10.05.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Rijeka | 1:0 | |
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