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| H (Match allé) | Deportivo Zacapa | - | CSD Municipal | 0:1 | ||
| R (match retour) | CSD Municipal | - | Deportivo Zacapa | 2:0 | ||
| H (Match allé): 29.11.2006 | R (match retour): 03.12.2006 | vainqueur: CSD Municipal | ||||
| H (Match allé) | Deportivo Marquense | - | Deportivo Jalapa | 3:2 | ||
| R (match retour) | Deportivo Jalapa | - | Deportivo Marquense | 2:0 | ||
| H (Match allé): 30.11.2006 | R (match retour): 03.12.2006 | vainqueur: Deportivo Jalapa | ||||
