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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | 1. Mi-temps | » 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Greuther Fürth | 34 | 20 | 6 | 8 | 43:18 | 25 | 66 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 34 | 18 | 11 | 5 | 38:15 | 23 | 65 |
| 3 |
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Eintracht Frankfurt | 34 | 16 | 13 | 5 | 41:18 | 23 | 61 |
| 4 |
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FC St. Pauli | 34 | 18 | 7 | 9 | 34:19 | 15 | 61 |
| 5 |
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SC Paderborn 07 | 34 | 16 | 10 | 8 | 32:24 | 8 | 58 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 34 | 16 | 9 | 9 | 35:23 | 12 | 57 |
| 7 |
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Dynamo Dresden | 34 | 11 | 12 | 11 | 28:33 | -5 | 45 |
| 8 |
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MSV Duisburg | 34 | 10 | 13 | 11 | 23:26 | -3 | 43 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 | 34 | 10 | 13 | 11 | 26:35 | -9 | 43 |
| 10 |
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Eintracht Braunschweig | 34 | 7 | 19 | 8 | 15:16 | -1 | 40 |
| 11 |
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Erzgebirge Aue | 34 | 9 | 13 | 12 | 18:23 | -5 | 40 |
| 12 |
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1. FC Union Berlin | 34 | 10 | 10 | 14 | 29:35 | -6 | 40 |
| 13 |
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Karlsruher SC | 34 | 10 | 10 | 14 | 19:26 | -7 | 40 |
| 14 |
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FSV Frankfurt | 34 | 9 | 9 | 16 | 22:33 | -11 | 36 |
| 15 |
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Energie Cottbus | 34 | 8 | 9 | 17 | 19:29 | -10 | 33 |
| 16 |
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VfL Bochum | 34 | 6 | 14 | 14 | 20:31 | -11 | 32 |
| 17 |
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Hansa Rostock | 34 | 6 | 13 | 15 | 21:39 | -18 | 31 |
| 18 |
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Alemannia Aachen | 34 | 2 | 17 | 15 | 10:30 | -20 | 23 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation | |
| Relégation |
